蛋白層析柱是凝膠層析技術中的主體，一般用玻璃管或有機玻璃管。根據樣品混合物中各組分在固定相和流動相中分配系數不同，從而分離的一種層析法。
（1）裝柱前要仔細看填料的使用說明書，每種填料都有自己的特性，以及特殊的裝柱方法，針對不同的空柱，也要注意方法可能不同，這一點非常重要：裝柱包括以后使用中不允許柱內進入氣泡（bubblefree），柱頭事先也要排除氣泡。
（2）填料要加水攪拌成均勻懸液，懸液濃度依填料而不同，一般70－85%，迅速倒入空柱內，或吸或壓，流速和具體步驟看說明書。
（3）所有柱子盡量做到填料均勻，尤其是用于凝膠層析的柱子。裝柱完成后，可用柱效測定的方法檢查裝填效果。一個裝填合格的柱子的理論塔板高度應是填料平均粒徑的2－4倍，在此范圍內越小越好。
（4）選擇合適的泵，盡量流速滿足要求，脈沖盡量小。選柱塞泵。
（5）準備上柱的液體應進行過濾，至少是0.45micrometre。
（6）關于純化，首先要考慮的是你的目標：純度、數量、速度、收率等等，再根據樣品的具體情況，尤其是目標蛋白的性質，確定純化策略。
（7）至于蛋白層析柱測序，大概不到1mg應該足夠了。
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