蛋白層析柱是凝膠層析技術中的主體，一般用玻璃管或有機玻璃管。層析柱的直徑大小不影響分離度，樣品用量大，可加大柱的直徑，一般制備用凝膠柱，直徑大于2厘米，但在加樣時應將樣品均勻分布于凝膠柱床面上。此外，直徑加大，洗脫液體體積增大，樣品稀釋度大。分離度取決于柱高，為分離不同組分，凝膠柱床必須有適宜的高度，分離度與柱高的平方根相關，但由于軟凝膠柱過高擠壓變形阻塞，一般不超過1米。
蛋白層析柱的工作原理
1.預處理：在吸附樹脂的生產過程中，一般采用的是工業級原料，產品沒有經過進一步純化處理，樹脂內部殘留少量單體，所以在使用之前，需用水溶性溶劑對其浸泡處理，然后用去離子水通過樹脂層，置換出水溶性溶劑離子方可投入使用。
2.逆流洗柱：用水洗出去水離子及破碎填料，樹脂裝入后，用蒸餾水反洗樹脂層，直至出水清晰、無氣味、無細碎樹脂為止。再依次用酸堿等浸泡、沖洗樹脂層，至出水呈中性為止。
3.水洗：水洗的主要目的是除去層析柱上所附著的渣滓。
4.吸附：吸附操作自上而下(或自下而上)通液，可采用不同流速，以選取*條件。流出液每隔一段時間取樣檢測，達泄漏點停止吸附，或多柱串聯達飽和后解吸。吸附主要是吸取料液中的渣滓或要回收物，該過程應控制料液的速度及吸附量，大孔樹脂應*浸泡在料液里，以提高吸附效果和運行穩定性。
5.解吸、再生：解吸操作自上而下(或自下而上)通解吸劑，單柱吸附時，解吸與吸附操作對流為佳。解吸劑沸點要低以便回收處理。
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